COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-02 17:00:00 12.845745 12.845745 14.910615
2021-02-01 17:00:00 16.227118 16.227118 15.076598
2021-01-31 17:00:00 13.790906 13.790906 15.153595
2021-01-30 17:00:00 14.226573 14.226573 15.221909
2021-01-29 17:00:00 16.722515 16.722515 15.341593
2021-01-28 17:00:00 14.854013 14.854013 15.381634
2021-01-27 17:00:00 17.223449 17.223449 15.404050

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-02 17:00:00 6.683641 6.683641 9.417332
2021-02-01 17:00:00 2.105401 5.099778 8.825966
2021-01-31 17:00:00 4.321187 11.349520 8.158759
2021-01-30 17:00:00 12.195122 12.195122 7.668050
2021-01-29 17:00:00 16.333333 16.333333 7.300399
2021-01-28 17:00:00 9.763206 9.763206 6.738782
2021-01-27 17:00:00 13.005671 13.005671 6.282907

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-02 17:00:00 10.658915 16.591252 13.806500
2021-02-01 17:00:00 9.219858 4.024768 14.719913
2021-01-31 17:00:00 9.698997 9.698997 15.201940
2021-01-30 17:00:00 17.994859 17.994859 15.722774
2021-01-29 17:00:00 8.211679 13.657056 16.087926
2021-01-28 17:00:00 13.548387 13.548387 16.656319
2021-01-27 17:00:00 21.764706 21.764706 16.957091

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-02 17:00:00 6.680080 6.680080 9.024717
2021-02-01 17:00:00 10.322922 10.322922 9.114266
2021-01-31 17:00:00 7.327259 7.327259 9.308573
2021-01-30 17:00:00 7.442937 7.442937 9.419355
2021-01-29 17:00:00 12.383749 12.383749 9.720364
2021-01-28 17:00:00 10.697839 10.697839 9.906620
2021-01-27 17:00:00 9.283445 9.283445 10.164981

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-02 17:00:00 12.332260 12.332260 14.198641
2021-02-01 17:00:00 28.761574 28.761574 14.355233
2021-01-31 17:00:00 11.434868 11.434868 14.018282
2021-01-30 17:00:00 13.702478 13.702478 13.704115
2021-01-29 17:00:00 19.174282 19.174282 13.858287
2021-01-28 17:00:00 10.939843 10.939843 13.589039
2021-01-27 17:00:00 11.926698 11.926698 13.338995

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-02 17:00:00 17.124489 17.124489 29.776552
2021-02-01 17:00:00 42.985685 42.985685 30.354512
2021-01-31 17:00:00 36.716504 36.716504 30.062310
2021-01-30 17:00:00 28.777924 28.777924 30.339353
2021-01-29 17:00:00 30.555556 30.555556 30.563081
2021-01-28 17:00:00 17.187500 30.936659 30.574912
2021-01-27 17:00:00 23.868632 31.975692 30.299332

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-02 17:00:00 19.282511 19.282511 17.231186
2021-02-01 17:00:00 17.622951 5.501066 17.447345
2021-01-31 17:00:00 21.926910 21.926910 17.788768
2021-01-30 17:00:00 17.697228 17.697228 17.892129
2021-01-29 17:00:00 19.985648 19.985648 17.276466
2021-01-28 17:00:00 24.053953 24.053953 17.367651
2021-01-27 17:00:00 17.288336 17.288336 17.470556

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-02 17:00:00 5.865961 5.865961 6.264893
2021-02-01 17:00:00 9.584280 4.553537 6.275085
2021-01-31 17:00:00 6.130144 6.130144 6.335529
2021-01-30 17:00:00 5.807011 5.807011 6.458978
2021-01-29 17:00:00 6.823128 6.823128 6.535794
2021-01-28 17:00:00 6.475927 7.777094 6.649927
2021-01-27 17:00:00 8.497396 8.497396 6.759863

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-02 17:00:00 14.432990 8.882254 10.542811
2021-02-01 17:00:00 20.580110 10.003733 10.506157
2021-01-31 17:00:00 16.821918 16.821918 10.666924
2021-01-30 17:00:00 9.518477 9.518477 10.752391
2021-01-29 17:00:00 11.699550 11.699550 10.816394
2021-01-28 17:00:00 12.674617 9.233390 10.786522
2021-01-27 17:00:00 10.000000 10.000000 10.826482

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-02 17:00:00 20.212766 20.212766 21.418251
2021-02-01 17:00:00 19.128456 19.128456 21.676895
2021-01-31 17:00:00 19.527431 19.527431 21.811394
2021-01-30 17:00:00 19.848321 19.848321 21.924191
2021-01-29 17:00:00 21.719250 21.719250 22.090058
2021-01-28 17:00:00 23.845731 23.845731 22.270031
2021-01-27 17:00:00 23.734603 23.734603 22.306540

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-02 17:00:00 8.653846 8.653846 11.513166
2021-02-01 17:00:00 19.129555 6.673729 11.644596
2021-01-31 17:00:00 14.416567 14.416567 12.079966
2021-01-30 17:00:00 13.221496 13.221496 12.044261
2021-01-29 17:00:00 11.845466 11.845466 12.013958
2021-01-28 17:00:00 15.148305 15.148305 12.004418
2021-01-27 17:00:00 14.116934 14.116934 11.796905

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-02 17:00:00 8.659218 4.078947 8.916058
2021-02-01 17:00:00 10.485437 10.485437 8.915107
2021-01-31 17:00:00 10.532276 10.532276 9.029228
2021-01-30 17:00:00 10.600255 10.600255 8.946987
2021-01-29 17:00:00 10.690122 10.690122 8.947865
2021-01-28 17:00:00 10.627401 10.627401 8.850932
2021-01-27 17:00:00 7.563025 7.563025 8.677927

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-02 17:00:00 94.526627 94.526627 80.621155
2021-02-01 17:00:00 27.622378 77.963738 79.853191
2021-01-31 17:00:00 33.865120 63.885089 77.977776
2021-01-30 17:00:00 85.906040 85.906040 77.166034
2021-01-29 17:00:00 94.551282 94.551282 77.208591
2021-01-28 17:00:00 78.382148 78.382148 76.407176
2021-01-27 17:00:00 70.801034 70.801034 75.749414

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-02 17:00:00 44.215938 44.215938 54.236615
2021-02-01 17:00:00 37.857143 18.996416 57.340147
2021-01-31 17:00:00 45.454545 45.454545 57.801978
2021-01-30 17:00:00 83.032491 83.032491 59.047698
2021-01-29 17:00:00 131.196581 75.000000 59.292915
2021-01-28 17:00:00 67.868852 67.868852 58.870412
2021-01-27 17:00:00 86.738351 86.738351 NaN

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-02 17:00:00 13.447003 13.447003 14.170475
2021-02-01 17:00:00 20.015576 9.663471 14.483872
2021-01-31 17:00:00 15.540150 15.540150 14.700024
2021-01-30 17:00:00 13.528098 13.528098 14.917663
2021-01-29 17:00:00 18.898899 18.898899 15.303813
2021-01-28 17:00:00 15.974729 15.974729 15.502815
2021-01-27 17:00:00 15.435232 15.435232 15.691574

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-02 17:00:00 16.507042 16.507042 27.531456
2021-02-01 17:00:00 16.652021 43.717047 28.163311
2021-01-31 17:00:00 99.165121 99.165121 29.027906
2021-01-30 17:00:00 21.332354 21.332354 29.182750
2021-01-29 17:00:00 21.548075 21.548075 29.273944
2021-01-28 17:00:00 30.588546 30.588546 29.697105
2021-01-27 17:00:00 29.653680 29.653680 29.848244

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-02 17:00:00 2.914614 2.914614 6.956675
2021-02-01 17:00:00 11.212397 4.692865 7.259074
2021-01-31 17:00:00 9.090909 9.090909 7.408687
2021-01-30 17:00:00 8.737123 8.737123 7.565265
2021-01-29 17:00:00 9.191702 9.191702 7.652501
2021-01-28 17:00:00 8.722856 8.722856 7.620424
2021-01-27 17:00:00 8.091554 8.091554 7.603613

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-02 17:00:00 16.359102 16.359102 16.432636
2021-02-01 17:00:00 17.847158 21.994408 16.397746
2021-01-31 17:00:00 14.464646 14.464646 16.284422
2021-01-30 17:00:00 15.528634 15.528634 16.421548
2021-01-29 17:00:00 16.520826 16.520826 16.696706
2021-01-28 17:00:00 15.159372 15.159372 16.960917
2021-01-27 17:00:00 15.301890 15.301890 17.415680

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-02 17:00:00 6.682298 5.742660 7.123679
2021-02-01 17:00:00 9.678256 5.404231 7.359952
2021-01-31 17:00:00 7.089241 7.089241 7.527069
2021-01-30 17:00:00 8.621676 8.621676 7.671113
2021-01-29 17:00:00 8.087134 8.087134 7.770567
2021-01-28 17:00:00 8.790586 8.790586 7.912199
2021-01-27 17:00:00 7.273254 7.273254 8.020684

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-02 17:00:00 19.957687 19.957687 19.780850
2021-02-01 17:00:00 74.093264 10.149042 20.122263
2021-01-31 17:00:00 23.728814 23.728814 20.381427
2021-01-30 17:00:00 15.713301 15.713301 20.924359
2021-01-29 17:00:00 23.775727 23.775727 21.404937
2021-01-28 17:00:00 29.496403 29.496403 21.714612
2021-01-27 17:00:00 23.029967 22.552517 21.986978

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-02 17:00:00 3.333333 3.333333 7.821287
2021-02-01 17:00:00 13.043478 3.333333 8.150359
2021-01-31 17:00:00 15.533981 15.533981 8.991094
2021-01-30 17:00:00 1.351351 1.351351 9.334039
2021-01-29 17:00:00 14.545455 14.545455 10.238415
2021-01-28 17:00:00 8.247423 8.247423 11.229055
2021-01-27 17:00:00 18.888889 18.888889 11.938205

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-02 17:00:00 26.158382 26.158382 25.898210
2021-02-01 17:00:00 33.574720 19.585253 25.666816
2021-01-31 17:00:00 21.573714 21.573714 26.442196
2021-01-30 17:00:00 25.941697 25.941697 27.111592
2021-01-29 17:00:00 37.826421 37.826421 27.986697
2021-01-28 17:00:00 20.837887 20.837887 28.562851
2021-01-27 17:00:00 57.071070 31.752952 29.485123

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 6.683641 6.683641 9.417332
Basilicata 10.658915 16.591252 13.806500
Calabria 6.680080 6.680080 9.024717
Campania 12.332260 12.332260 14.198641
Emilia-Romagna 17.124489 17.124489 29.776552
Friuli Venezia Giulia 19.282511 19.282511 17.231186
Lazio 5.865961 5.865961 6.264893
Liguria 14.432990 8.882254 10.542811
Lombardia 20.212766 20.212766 21.418251
Marche 8.653846 8.653846 11.513166
Molise 8.659218 4.078947 8.916058
P.A. Bolzano 94.526627 94.526627 80.621155
P.A. Trento 44.215938 44.215938 54.236615
Piemonte 13.447003 13.447003 14.170475
Puglia 16.507042 16.507042 27.531456
Sardegna 2.914614 2.914614 6.956675
Sicilia 16.359102 16.359102 16.432636
Toscana 6.682298 5.742660 7.123679
Umbria 19.957687 19.957687 19.780850
Valle d'Aosta 3.333333 3.333333 7.821287
Veneto 26.158382 26.158382 25.898210

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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